A mensagem de possível divergência é uma sistemática de alerta para verificação, tem por intuito a partir de uma comparação do CFOP e do CST te apresentar possíveis produtos para verificar se realmente está de acordo coma nota.
A apresentação desta informação não impede de gravar a nota, o que impediria de gravá-la seria se existisse tanto possíveis divergencias quanto realmente erro de cálculo, então enquanto os erros não forem corrigidos não conseguiria entrar com a nota.
A imagem acima é um exemplo de quando o sistema apresenta possíveis divergencias, todavia os cálculos estão todos corretos pois os mesmos valores apresentados na nota foram identificados nos cálculos do sistema.