Para bloquear a emissão de notas pelo modulo de expedição de vendas, deve ser marcado em Sistema - Ferramentas - Parametrização do Sistema - Opção 6 - Não Permitir Emissão de NF na Expedição com Estoque Negativo
Feito isto o sistema vai impedir que seja emitido notas com itens sem estoque no modulo Estoque - Expedição de Pedido entre Lojas - Emissão de Nota Fiscal, ficando em vermelho os itens sem estoque, após regularizar o estoque do item a nota poderá ser emitida.